La colección de preparados anatómicos la inicio el maestro anatómico Honorè Gragonard en 1794, quien, en su momento fue catalogado de perturbado mental, porque en uno de sus preparados anatómicos se puede ver a un hombre sobre un caballo disecados simulando uno de los jinetes del apocalipsis.
El museo parisino fue posteriormente patrocinado por el Decano de la facultad de medicina, Mathieu Orfila, notable toxicologo, quien despues de visitar el museo Hunteriano en Londres asumio como reto construir uno mejor en su ciudad natal. En 1847, el Museo Orfila expandio el numero de especimenes a 4500 para 1881.
El museo tambien cuenta con elaborados modelos de cera elaborados por el cirujano frances jean Baptiste Lamonier, quen usaba conbustible para abrillantar sus figuras.
Desgraciadamente en los siguientes 60 años cientos de espscimenes se perdieron por las guerras, la negligencia y la pobreza
Localizado en el octavo piso de la facultad de Medicina de la Universidad renè Descartes, la coleccion alberga actualmente algo mas de 5800 especimenes, que incluye cerebros(incluyendo el cerebro del paciente "tan", que sirvio a Pierre Paul Broca para describir la afasia), animales embalsamados, esqueletos, escasas obras de Fragonard y modelos de cera
Esta coleccion no esta disponible para el publico en general, sin embargo se pueden ver algunos especimenes ubicados en el lobby del edificio.
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